История этого храма началась весной 1747 года, когда императрица Елизавета Петровна отдаёт распоряжение перестроить и расширить Петергофский дворец. Она поручает осуществление проекта Франческо Растрелли, который ещё в 1730 году был назначен придворным архитектором и руководил строительством в Санкт-Петербурге, Москве и других городах.
Придворная церковь Святых Апостолов Петра и Павла играла особую роль в истории русского императорского двора. В летние месяцы, когда Петергоф превращался в своеобразную «загородную столицу» Российской империи, этот храм становился средоточием религиозной жизни страны. На протяжении полутора столетий здесь проводились богослужения по поводу официальных государственных праздников - таких, например, как дни тезоименитств, восшествий на престол и коронаций российских монархов. Тут же совершались обряды крещений и венчаний младших представителей императорской фамилии, служились панихиды по усопшим Романовым и, разумеется, отмечались все традиционные русские православные праздники, которые приходились на летние месяцы.